3-Fluoropiperidine hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวน piperidine ที่ถูกฟลูออรีนแทนที่ มีคุณค่าต่อการค้นพบยา โดยเฉพาะในการออกแบบสารประกอบที่เล็งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับตัว ทำให้มีประโยชน์ในการสร้างการรักษาที่มีศักยภาพสำหรับความผิดปกติทางระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ สนับสนุนความก้าวหน้าด้านเคมียารักษา