ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) โครงสร้างของมันสนับสนุนการสร้างตัวปรับตัวรับโดพามีนและเซโรโทนิน ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยยาต้านจิตเภทและยาต้านซึมเศร้า แกนพิเพอริดีนที่ถูกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการทะลุผ่านกำแพงเลือด-สมอง ซึ่งมีประโยชน์ในการออกแบบยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากโครงสร้างที่แข็งและตำแหน่งของตัวแทน