สารนี้ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีศักยภาพในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการพัฒนายาที่มีโครงสร้างเป็นพายริดีนหรือสารอนุพันธ์ของพายริดีน ซึ่งมักพบในโมเลกุลของยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านจิตประดิษฐ์ ยาแก้ซึมเศร้า หรือยารักษาโรคทางระบบประสาทอื่นๆ หมู่ tert-butyloxycarbonyl (Boc) ที่ต่ออยู่กับพิเพอริดีนทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ซึ่งช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งในขั้นตอนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถสร้างสารประกอบที่ซับซ้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพและเลือกเจาะจงได้สูง