ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ต้องการโครงสร้างเพอพิริดีน หมู่ไตรฟลูออโรอะซิทิลช่วยให้เกิดการแปลงโครงสร้างแบบเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอสและลิแกนด์ตัวรับ ซึ่งหมู่ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับคู่ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น