ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพและยาตัวสมัคร หมู่ฟังก์ชันคลอโรซัลโฟนิลช่วยให้สามารถเกิดพันธะซัลโฟนาไมด์ ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบบ่อยในยารักษาโรคหลายชนิด กลุ่ม tert-butyl carbamate (Boc) ที่ปกป้องบนวงแหวนพิเพอริดีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรและความเสถียรในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ใช้กันทั่วไปในเคมีทางการแพทย์สำหรับการสร้างอะมีนที่มีโครงสร้างซับซ้อนและสารประกอบเฮเทโรไซคลิก เหมาะสำหรับการสร้างตัวยับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์รีเซพเตอร์ เนื่องจากโครงสร้างพิเพอริดีนที่มีความแข็งตัวเชิงคอนฟอร์เมชัน หมู่คลอโรซัลโฟนิลยังสามารถทำปฏิกิริยากับแอมโมเนียหรืออนุพันธ์อะมีนเพื่อสร้างซัลโฟนาไมด์ ซึ่งสำคัญในยาต้านจุลชีพหรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้จึงมีความสำคัญในห้องปฏิบัติการวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์และการพัฒนายาใหม่