ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตัวกลางในการสร้างโครงสร้างของสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า หรือยาแก้ปวด เนื่องจากโครงสร้างเพอพิริดีนมีความสำคัญต่อการจับกับตัวรับในสมอง หมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ช่วยให้ควบคุมทิศทางของปฏิกิริยาได้ดีขึ้น และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ภายหลังเมื่อต้องการ โดยกรดอะซีติกที่ต่ออยู่กับตำแหน่ง 3 ของเพอพิริดีนช่วยทำให้สามารถต่อเชื่อมกับโมเลกุลอื่น ๆ ได้ง่ายผ่านพันธะอะไมด์ จึงเหมาะสำหรับการสร้างสารประกอบเชิงซ้อนในห้องปฏิบัติการวิจัยและพัฒนายา