ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น ยาหรือสารชีวภาพ เนื่องจากกลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBS) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่แอลกอฮอล์ ซึ่งช่วยป้องกันไม่ให้หมู่แอลกอฮอล์ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนที่ไม่ต้องการ และสามารถถอดกลุ่มนี้ออกได้ภายหลังเมื่อต้องการให้เกิดปฏิกิริยาต่อไป โครงสร้างพิเพอรีดีนยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายและควบคุมความเป็นขั้วของโมเลกุล ทำให้เหมาะสมกับการใช้ในขั้นตอนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน