4-Methoxypiperidine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางยา เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยากล่อมประสาท หรือยารักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีผลข้างเคียงน้อย