4-Fluoropiperidine hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวน piperidine ที่ fluorinated ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบโมเลกุลที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ที่เพิ่มขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายา central nervous system (CNS) เนื่องจากส่วน fluorinated สามารถมีอิทธิพลต่อการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ ปรับปรุง potency และ selectivity นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสร้างลิแกนด์สำหรับตัวรับและเอนไซม์ ช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการวิจัย agrochemicals ซึ่งทำหน้าที่เป็น building block สำหรับพัฒนายาฆ่าแมลงและ herbicides ใหม่ๆ