1-Methylpiperidin-3-amine dihydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาชนิดใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ นอกจากนี้ยังอาจใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารเคมีอื่น ๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น รวมถึงการศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพเพื่อประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมยาและเคมีภัณฑ์