(S)-3-Aminopiperidin-2-one hydrochloride ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและมะเร็ง มันมีบทบาทสำคัญในการผลิตตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ โครงสร้างแบบ chiral ของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยารักษา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและออกแบบโมเลกุลชีวภาพใหม่ๆ