2-(Chloromethyl)piperidine hydrochloride ถูกนำไปใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะในการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพได้หลากหลาย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น และอาจใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของตัวรับในร่างกายมนุษย์เพื่อความเข้าใจที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้น