Benzyl 3-cyanopiperazine-1-carboxylate ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารชีวภาพออกฤทธิ์ต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มเบนซิลและกลุ่มไซยาโน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา มักใช้ในการออกแบบและสังเคราะห์อนุพันธ์จาก piperazine ซึ่งมักสำรวจคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา รวมถึงฤทธิ์ต้านจุลินทรีย์ ต้านมะเร็ง และกิจกรรมระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) นักวิจัยใช้สารนี้ในการปรับปรุงและเพิ่มประสิทธิภาพยาเป้าหมาย เพื่อเพิ่มประสิทธิผล ความเลือกสรร และโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ อาจใช้ในการเตรียมสารสำหรับคัดกรองในโปรแกรมค้นพบยา เพื่อระบุการรักษาใหม่สำหรับโรคต่างๆ