1-Boc-3-Carbamoylpiperazine ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาหลากหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง กลุ่มอะมีนที่ได้รับการป้องกันด้วย Boc ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในการจับคู่เปปไทด์และการพัฒนาสารประกอบชีวภาพที่มีฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลขนาดเล็กอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษา กลุ่มคาร์บามอยล์ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการสร้างพันธะอะไมด์ที่เสถียร ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในเคมียารักษาโรค