1-Methylpiperazine dihydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการผลิตยาแก้แพ้ ยารักษาโรคจิต และตัวแทนบำบัดอื่น ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง การประยุกต์ใช้ของมันขยายไปสู่การพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านเชื้อราโดยศักยภาพ ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำหมู่เมทิลพิเพอราซีนเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารประกอบนี้ทำให้เป็นตัวเลือกที่ได้รับความนิยมสำหรับนักวิจัยและผู้ผลิตในการสร้างโซลูชันเภสัชกรรมที่เป็นนวัตกรรม