Methyl 2-Piperazinecarboxylate Dihydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพที่หลากหลาย มีบทบาทสำคัญในการสร้างยาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาท เช่น ยาต้านโรคจิตและยาต้านอาการซึมเศร้า เนื่องจากมีโครงสร้าง piperazine ซึ่งเป็นส่วนประกอบทั่วไปในโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านจุลชีพ เพื่อสนับสนุนการออกแบบยารักษาใหม่ที่มีศักยภาพ ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนในเคมียารักษา