สาร Methyl 1,4-Bis(Boc)-2-piperazinecarboxylate นิยมใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยมักใช้ในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันอะมีนระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมปฏิกิริยาได้แม่นยำมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทหรือยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้าง piperazine ที่มีอยู่ในโมเลกุลนี้มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา