1-Boc-3-Phenylpiperazine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ การประยุกต์ใช้หลักอยู่ที่การเตรียมยารักษา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) โครงสร้างของสารช่วยให้สามารถรวมหมู่ piperazine ซึ่งเป็นคุณสมบัติทั่วไปในยาที่ออกฤทธิ์ต่อ CNS หลายชนิด รวมถึงยารักษาโรคจิต ยาต้านอาการซึมเศร้า และยาลดความวิตกกังวล กลุ่มปกป้อง Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในการสังเคราะห์ ทำให้สามารถปรับเปลี่ยนโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาลิแกนด์ตัวรับและตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งช่วยสนับสนุนการค้นพบยารักษาใหม่ ความหลากหลายและความเสถียรทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในเคมียารักษาในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพทางเภสัชวิทยา