ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา เนื่องจากโครงสร้างพิเพอร์าซีนมีบทบาทเป็นแกนกลางในโมเลกุลของยาหลายชนิด สารนี้จึงเหมาะสำหรับใช้เป็นตัวตั้งต้น (intermediate) ในการสร้างสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ ยาต้านมะเร็ง หรือสารยับยั้งเอนไซม์ กลุ่ม tert-butyl ที่ป้องกันหมู่คาร์บอกซิลทำให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้ดี และสามารถถอดกลุ่มป้องกันออกได้ภายหลังในขั้นตอนการสังเคราะห์ ทำให้มีความยืดหยุ่นสูงในเส้นทางการสังเคราะห์แบบหลายขั้นตอน