ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้ (APIs) ซึ่งวงแหวน piperazine เป็นส่วนประกอบโครงสร้าง กลุ่มป้องกัน tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน กลุ่ม methoxymethyl ช่วยเพิ่มความละลายและสามารถทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับแอลกอฮอล์หรือเป็นตัวเชื่อมในกลยุทธ์โปรดรัก ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับโปรแกรมค้นพบยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคระบบประสาทส่วนกลาง โรคเมแทบอลิซึม และโรคติดเชื้อ เนื่องจากความหลากหลายของโครงสร้าง piperazine