ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างเป็นเพอริเพอร์ราซีน โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา นิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ขณะสังเคราะห์เปปไทด์หรือสารประกอบที่ซับซ้อน เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งและเพิ่มประสิทธิภาพของปฏิกิริยาเคมี หลังจากนั้นสามารถกำจัดหมู่ Boc ได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะกับการใช้งานในขั้นตอนสังเคราะห์หลายขั้นตอน โครงสร้างแกนเพอริเพอร์ราซีนเป็นลวดลายที่พบบ่อยในการออกแบบยา ช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายและ bioavailability สารนี้ยังช่วยอำนวยในการสังเคราะห์ยับยั้ง kinase, ยาต้านไวรัส และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง