ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์พิเพอราซีน ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของพิเพอราซีน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกที่ตำแหน่งเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง ยาต้านจิตเภท และยาแก้แพ้ เนื่องจากโครงสร้างพิเพอราซีนมีคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดี กลุ่มป้องกัน tert-butyloxycarbonyl (Boc) ช่วยให้สามารถกำจัดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในเคมีเปปไทด์คล้ายและเคมีเฮเทอโรไซคลิก นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการเตรียมสารชีวภาพใหม่และในเคมีคอมบิเนตอเรียลสำหรับการค้นพบยา