ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการโครงสร้างพิเพอร์ราซีนที่ได้รับการป้องกัน ฟังก์ชันกรดอะซิติกช่วยให้สามารถคู่เคียงกับโมเลกุลอื่นได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโมเลกุลยาที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งคินาส ยาต้านไวรัส และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) หมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันชั่วคราวแก่ไนโตรเจนของพิเพอร์ราซีน ทำให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกเพศและเพิ่มประสิทธิภาพการสังเคราะห์ในขั้นตอนอินทรีย์หลายขั้นตอน