ไพเพอร์ราซีนไฮโดรไอโอไดด์ ใช้โดยตรงเป็นยาขับพยาธิในการรักษาการติดเชื้อหนอนปรสิต โดยเฉพาะในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านจิตประสาทและยาต้านซึมเศร้า เนื่องจากบทบาทในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพในสารประกอบของระบบประสาทส่วนกลาง ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือตัวทำละลายในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการสภาพเป็นกรดอ่อน และมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีความจำเพาะสูงและผลข้างเคียงน้อย