(R)-2-Piperazinecarboxylic acid dihydrochloride ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างคีรอลในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีเอ็นแอนติโอเมอร์บริสุทธิ์ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของส่วนประกอบยาสำคัญที่ออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิสัมพันธ์ของตัวรับเนื่องจากคุณสมบัติทางสเตอริโอเคมี