(R)-1-Benzyl-2-methylpiperazine hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายเป็นบล็อกก่อสร้างแบบ chiral ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังระบบสารสื่อประสาท เช่น ตัวรับ dopamine และ serotonin ความบริสุทธิ์ของเอนานติโอเมอร์มีความสำคัญต่อการรับประกันกิจกรรมทางเภสัชวิทยาที่ต้องการและลดผลข้างเคียงในตัวแทนบำบัด นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในสถานที่วิจัยสำหรับการศึกษาการจับตัวรับและปฏิสัมพันธ์ยา-ตัวรับ ช่วยในการออกแบบยาที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรมากขึ้น