ไฮโดรซินโคนีนถูกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นบล็อกก่อสร้างแบบคิรัลสำหรับการสังเคราะห์ยาต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาต้านมาลาเรียเนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายกับควินีน ซึ่งมีประสิทธิภาพต่อมาลาเรีย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกเพื่อผลิตสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบเอนานติโอเมอร์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างยาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง การประยุกต์ใช้ขยายไปยังการวิจัยและพัฒนาในเคมีอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีคุณค่าสำหรับการศึกษาสเตอรีโอเคมีและกระบวนการเร่งปฏิกิริยา