ไฮปาโคนิทีนถูกนำมาใช้เป็นหลักในการแพทย์แผนจีนเนื่องจากคุณสมบัติแก้ปวดและต้านการอักเสบ มักถูกผสมลงในสูตรสมุนไพรเพื่อบรรเทาอาการปวด โดยเฉพาะในภาวะเช่นโรคข้ออักเสบ โรครูมาติซึม และปวดประสาท นอกจากนี้ ยังใช้รักษาไข้หวัดและไข้บางชนิดเนื่องจากความสามารถในการทำให้เหงื่อออกและลดอุณหภูมิร่างกาย ในการวิจัย ไฮปาโคนิทีนถูกศึกษาเกี่ยวกับผลต่อระบบประสาท โดยเฉพาะปฏิกิริยากับช่องไอออนโซเดียม ซึ่งอาจมีส่วนในคุณสมบัติแก้ปวด อย่างไรก็ตาม การใช้ต้องควบคุมปริมาณอย่างระมัดระวังเนื่องจากมีความเป็นพิษสูง