ใช้ (R)-2-Methylpiperidine เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการโครงสร้างไซคลิกที่มีไนโตรเจน เช่น ยาแก้ปวด ยาต้านอาการซึมเศร้า และยาในกลุ่มสารยับยั้งเอนไซม์บางชนิด สารนี้มีบทบาทเป็นตัวทำหน้าที่เป็นลิแกนด์หรือโครงสร้างหลักในโมเลกุลยา ช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ที่มีความซับซ้อนสูง