เมเสโคไนทีนถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับช่องไอออนโซเดียมในเซลล์ประสาท ซึ่งช่วยให้เข้าใจกลไกของความเจ็บปวดและการส่งสัญญาณประสาทได้ดีขึ้น สารนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนายาแก้ปวดชนิดใหม่ที่มีเป้าหมายเฉพาะจุด โดยอาศัยการยับยั้งการเปิดช่องไอออนที่เกี่ยวข้องกับการรับความรู้สึกเจ็บปวด อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีพิษสูง การใช้งานจึงจำกัดอยู่ในห้องปฏิบัติการวิจัย และต้องควบคุมอย่างเข้มงวด