เบอร์เบอร์รูบินถูกใช้เป็นสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการศึกษาฤทธิ์ต้านจุลชีพและต้านการอักเสบ มีการวิจัยพบว่าสารนี้แสดงฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียบางชนิด รวมถึงเชื้อรา และอาจมีศักยภาพในการพัฒนาเป็นยาต้านจุลชีพชนิดใหม่ นอกจากนี้ยังมีรายงานเกี่ยวกับฤทธิ์ต้านมะเร็ง เนื่องจากสามารถรบกวนกระบวนการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็งและส่งเสริมการตายของเซลล์ผ่านกลไก apoptosis ในบางเส้นทาง จึงเป็นที่สนใจในการวิจัยพัฒนายาต้านเนื้องอก อย่างไรก็ตาม การใช้ในเชิงพาณิชย์ยังอยู่ในขั้นตอนการศึกษา และจำเป็นต้องมีการทดลองเพิ่มเติมเพื่อยืนยันความปลอดภัยและประสิทธิภาพ