ซินโคโนดีนถูกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมยาในฐานะสารช่วยไครัล (chiral auxiliary) หรือสารตัวทำละลาย (resolving agent) ในการสังเคราะห์สารประกอบที่ทำงานทางแสง (optically active compounds) มันมีบทบาทสำคัญใน asymmetric synthesis โดยเฉพาะในการผลิตยาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure drugs) ซึ่งจำเป็นสำหรับประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยา

ในเคมีอินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาที่เลือกสรรทางสเตอรีโอ (stereoselective reactions) ช่วยสร้างสารประกอบที่มีการจัดเรียงอะตอมในอวกาศเฉพาะเจาะจง ซึ่งมีคุณค่ามากในการพัฒนาส่วนประกอบยาที่ทำงาน (active pharmaceutical ingredients: APIs) ที่สเตอรีโอเคมีที่ถูกต้องจำเป็นสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ

นอกจากนี้ ซินโคโนดีนยังถูกใช้ในการแยกส่วนผสมเรซิเมต (racemic mixtures) โดยช่วยแยกเอนานติโอเมอร์ที่ต้องการผ่านกระบวนการ chiral resolution ซึ่งสำคัญมากในการพัฒนายา เนื่องจากเอนานติโอเมอร์ที่แตกต่างของสารประกอบสามารถมีผลทางเภสัชวิทยาที่แตกต่างกันอย่างมาก

นอกเหนือจากยา ซินโคโนดีนยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเป็นมาตรฐานอ้างอิงสำหรับศึกษเคมีอัลคาลอยด์ (alkaloid chemistry) และสำหรับสำรวจเส้นทางสังเคราะห์ใหม่ในเคมีอินทรีย์ ความหลากหลายและความเฉพาะเจาะจงทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในทั้งการตั้งค่าอุตสาหกรรมและวิชาการ