ไฮโดรควินีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาคิรัลในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารประกอบที่มีเอนานติโอเมอร์บริสุทธิ์ มันมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังโรคหัวใจและหลอดเลือด การติดเชื้อ และความผิดปกติทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาต้านมาลาเรียเนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับควินีน ในงานวิจัย ไฮโดรควินีนถูกใช้เป็นมาตรฐานอ้างอิงในเคมีวิเคราะห์สำหรับการศึกษาปฏิกิริยาที่เลือกสรรทางสเตอรีโอ การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปสู่การสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งช่วยในการเตรียมสารเคมีละเอียดและสารกลางที่มีความบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์สูง