ไซโทโครม ซีจากม้ามีการใช้งานที่หลากหลายในด้านวิทยาศาสตร์และการแพทย์ หนึ่งในการใช้งานหลักคือการใช้เป็นเครื่องหมายทางชีวภาพในการศึกษากระบวนการอะพอพโทซิส (Apoptosis) หรือการตายของเซลล์ตามธรรมชาติ โดยสามารถตรวจสอบการปล่อยไซโทโครม ซีจากไมโทคอนเดรียเพื่อประเมินสถานะของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและอณูชีววิทยาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาออกซิเดชันและรีดักชัน รวมถึงบทบาทของมันในห่วงโซ่การขนส่งอิเล็กตรอนในกระบวนการหายใจระดับเซลล์ ในทางการแพทย์ ไซโทโครม ซีอาจถูกนำมาใช้ในการพัฒนาวิธีการรักษาใหม่ ๆ ที่เกี่ยวข้องกับความผิดปกติของไมโทคอนเดรียหรือภาวะเครียดออกซิเดชัน