แอนทราควิโนนมีการใช้งานหลักในอุตสาหกรรมเยื่อกระดาษและกระดาษ โดยเฉพาะในกระบวนการคราฟต์พัลพิง (kraft pulping process) ซึ่งช่วยเพิ่มผลผลิตและลดการใช้พลังงาน โดยทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่ช่วยย่อยสลายลิกนินได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น ส่งผลให้แยกเส้นใยเซลลูโลสจากไม้ได้ดีกว่า

นอกจากนี้ แอนทราควิโนนยังเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สีย้อม โดยเฉพาะสีย้อมวัด (vat dyes) และสีย้อมกระจาย (disperse dyes) สำหรับผ้าฝ้าย ขนสัตว์ และเส้นใยสังเคราะห์ ให้สีที่ทนทานต่อแสงและน้ำ และมีสีสันสดใส

ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ แอนทราควิโนนยังช่วยปรับปรุงการดูดซับสีย้อมและความสม่ำเสมอของสี

นอกจากนี้ ยังใช้ในกระบวนการผลิตไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ผ่านกระบวนการแอนทราควิโนน (anthraquinone process) ซึ่งเป็นวิธีการอุตสาหกรรมหลัก โดยสารนี้จะผ่านวงจรไฮโดรเจนเนชันและออกซิเดชันเพื่อผลิตไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ความบริสุทธิ์สูง

อนุพันธ์บางชนิดมีการนำไปใช้ในเภสัชกรรมเนื่องจากมีฤทธิ์เป็นยาระบายที่กระตุ้นการเคลื่อนไหวของลำไส้ รวมถึงศักยภาพในการต้านเชื้อไวรัสและต้านการอักเสบ

แอนทราควิโนนยังใช้ในแบตเตอรี่ redox flow บางประเภท และเป็นตัวเริ่มปฏิกิริยาด้วยแสง (photoinitiator) ในปฏิกิริยาการพอลิเมอไรเซชันบางชนิด