3-Fluorophthalonitrile ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบฟทาโลไซยานิน (Phthalocyanine) ซึ่งเป็นสารที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น การผลิตสีย้อมและเม็ดสี โดยเฉพาะสีย้อมที่ใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอและพลาสติก นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เช่น สารกึ่งตัวนำและอุปกรณ์ทางแสง เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีและฟิสิกส์ที่โดดเด่นของสารประกอบฟทาโลไซยานินที่ได้จาก 3-Fluorophthalonitrile นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างตัวบ่งชี้เรืองแสงและเซ็นเซอร์สำหรับการวิจัยทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการตรวจจับและวิเคราะห์โมเลกุลเฉพาะเจาะจง โครงสร้างฟลูออรีนของมันยังมีคุณค่าต่อการออกแบบเภสัชภัณฑ์ โดยสามารถปรับปรุงความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบยา