สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน กลุ่มฟังก์ชันอัลไคน์ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีคลิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งการ cycloaddition ระหว่างอะซายด์-อัลไคน์ที่เร่งด้วยทองแดง (CuAAC) ซึ่งถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการเชื่อมต่อทางชีวภาพ (bioconjugation) การค้นพบยา และวิทยาศาสตร์วัสดุ ส่วนของ isoindoline-1,3-dione ซึ่งรู้จักกันในนามอนุพันธ์ของ phthalimide สามารถทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับอะมีนหรือเป็นสารตั้งต้นสำหรับการสร้างอะมีนหลังจากการถอดกลุ่มปกป้อง การประยุกต์ใช้นอกเหนือจากนี้ขยายไปถึงการพัฒนายา สารเคมีเกษตร และโพลิเมอร์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างสารประกอบที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพหรือวัสดุที่ถูกปรับแต่งหน้าที่ นอกจากนี้ โครงสร้างของสารประกอบนี้ทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้ในการสังเคราะห์โพรบเรืองแสงหรือเซ็นเซอร์โมเลกุล เนื่องจากมีศักยภาพในการปรับแต่งและการเชื่อมต่อ