กรด 6-(1,3-ไดออกโซอิโซอินโดล-2-อิล)เฮกซาโนอิก ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลาย มักถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้ทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อมหรือตัวคั่นในออกแบบโปรดรัก ซึ่งช่วยให้การปล่อยออกฤทธิ์แบบควบคุมหรือการส่งมอบแบบเล็งเป้าไปยังส่วนประกอบเภสัชกรรมที่ออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังมีประโยชน์ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โดยกลุ่มฟังก์ชันช่วยอำนวยในการจับคู่หรือปรับเปลี่ยน การประยุกต์ใช้ขยายไปยังวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งถูกใช้ในการพัฒนาพอลิเมอร์ที่มีคุณสมบัติที่ปรับแต่ง เช่น ความเข้ากันได้ทางชีวภาพหรือลักษณะทางกลเฉพาะ