6-Chlorophthalazin-1-ol ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ ซึ่งมีความสำคัญสำหรับการศึกษากลไกชีวเคมีและการออกแบบยาสำหรับโรคเช่นมะเร็งและการอักเสบ นอกจากนี้ โครงสร้างของมันยังทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีประโยชน์ในเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางยาที่เป็นไปได้