6-Fluorophthalazin-1(2H)-one ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในสาขาเคมีทางการแพทย์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้งและสารรักษาที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของยาที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการค้นพบและปรับปรุงยา นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในการออกแบบโพรบที่ใช้ฟลูออเรสเซนซ์สำหรับการศึกษาทางชีวเคมี ช่วยในการตรวจจับและวิเคราะห์กระบวนการทางชีวภาพ