1-Chloro-7-fluorophthalazine ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะในกระบวนการพัฒนายาชนิดใหม่ที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาเฉพาะเจาะจง สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งอาจมีคุณสมบัติในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง หรือโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีที่ใช้ในการวินิจฉัยโรคหรือการติดตามผลการรักษาในทางการแพทย์อีกด้วย