1,4-Dichloro-5-fluorophthalazine ถูกนำมาใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีประสิทธิภาพสูง สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างเฉพาะ ซึ่งอาจมีคุณสมบัติในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง หรือโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของสารเคมีในระดับโมเลกุล