ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มีบทบาทในการเตรียมสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือสารต้านจุลินทรีย์ กลุ่มฟอสโฟเนตมีคุณค่าการสร้างพันธะคาร์บอน-ฟอสฟอรัส ซึ่งจำเป็นในการออกแบบโมเลกุลสำหรับเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารกันไฟหรือเป็นลิแกนด์ในเคมีเชิงประสานสำหรับปฏิกิริยาที่มีตัวเร่งโลหะ การประยุกต์ใช้หลักมุ่งเน้นไปที่การวิจัยและกระบวนการเคมีในระดับอุตสาหกรรม