ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างอะโรมาติกที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและมีอิทธิพลต่อความสัมพันธ์ในการจับกับเอนไซม์เป้าหมาย ใช้บ่อยในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากผลการดึงอิเล็กตรอนของอะตอมฟลูออรีน ซึ่งปรับเปลี่ยนความเป็นกรดและ lipophilicity นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมบล็อกสร้างแบบ chiral สำหรับการสังเคราะห์แบบความไม่สมมาตร