ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาที่มีฟลูออรีนซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยให้รวมเข้าในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความจำเพาะในการจับและความต้านทานต่อการย่อยสลายแบบออกซิเดชัน ทำให้มีคุณค่าต่อการวิจัยทางเคมียา นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษและยาฆ่าแมลงที่ต้องการบล็อกอะโรแมติกฟลูออรีน