ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) โครงสร้างกรดไดฟลูออโรอะซิติกช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาเพื่อปรับปรุงการดูดซึมทางชีวภาพ ใช้บ่อยในการเตรียมอนุพันธ์ของเคโตโพรเฟนและอนุพันธ์กรดอะริลอะซิติกอื่นๆ ที่มีคุณสมบัติแก้ปวดและลดไข้ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อพัฒนาส่วนผสมออกฤทธิ์ที่มีฟลูออรีน ซึ่งมี persistence ต่อสิ่งแวดล้อมและกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น