3-Methoxyphenoxyacetic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตเภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการจัดทำสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถรวมเข้าไปในโมเลกุลที่ต้องการกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ ในการวิจัย มักใช้ในการศึกษาที่มุ่งเน้นการพัฒนาสารเคมีใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือการประยุกต์ทางการเกษตร