ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างอะโรมาติกที่ฟลูออรีนช่วยเพิ่ม bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในสารออกฤทธิ์ มักใช้ในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชแบบ auxin-selective ซึ่งเลียนแบบฮอร์โมนธรรมชาติเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของพืช นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบโมเลกุลอินทรีย์ที่มีฟลูออรีนเพื่อศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์