2-(4-(ทริฟลูออโรเมทอกซี)ฟีนิล)อีทานามีนถูกใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่หลากหลาย โครงสร้างที่มีกลุ่มทริฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการพัฒนายาในระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) ซึ่งช่วยในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมของสารสื่อประสาท นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร เพื่อช่วยออกแบบยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้ดีขึ้น คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เหมาะสำหรับการใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการพัฒนาโพลิเมอร์และสารเคลือบขั้นสูงที่มีลักษณะการทำงานที่ดีขึ้น โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยารักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในการพัฒนายาแก้ปวดและยาต้านการอักเสบ เนื่องจากมีโครงสร้างที่สามารถจับกับตัวรับเฉพาะในร่างกายได้อย่างมีประสิทธิภาพ