เฮกซาเมทิลีนไดแอมโมเนียม ไดบราไมด์ ถูกใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาการถ่ายโอนเฟส ซึ่งช่วยในการถ่ายโอนสารตั้งต้นระหว่างเฟสที่ไม่ละลายกัน ส่งผลให้อัตราการเกิดปฏิกิริยาและประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์โพลิเอไมด์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการผลิตสารยับยั้งการกัดกร่อน ซึ่งใช้ในการปกป้องพื้นผิวโลหะในกระบวนการอุตสาหกรรมต่างๆ บทบาทของสารนี้ในแอปพลิเคชันเหล่านี้มีความสำคัญต่อการปรับปรุงประสิทธิภาพและความทนทานของวัสดุ